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婷婷激情成人 NuRNA™ Human Central Metabolism PCR芯片期间奇迹

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婷婷激情成人 NuRNA™ Human Central Metabolism PCR芯片期间奇迹
发布日期:2024-11-01 11:40    点击次数:187

吐旧容新是机体人命步履的基础,影响细胞的各个方面。滋长、增殖、分化或凋一火等不同的细胞过程,存在着显耀不同的代谢网罗[1,4] 。细胞内的吐旧容新除了受信号通路等多种机制调控外,也可行为信号分子,或孤苦调控生物学过程[8] 。最近究诘标明,吐旧容新参与调控表不雅遗传[6,7] 、自噬[3,5] 、凋一火、坏死[9]等多种细胞人命步履。代谢相当是引起臃肿、糖尿病及肿瘤等多种疾病的伏击要素(图1)。肿瘤被合计是一种代谢疾病,代谢改革是癌症发生的显耀标志之一。癌细胞进行代谢重编程,以餍足肿瘤转动、肇始、发展、侵袭与搬动等不同阶段以及不同养分环境下的代谢需求[1,8](图2)。系统地分析疾病的代谢改革,对寻找灵验的代谢象征物与疾病调节靶点相当必需。 Arraystar公司新推出的NuRNA™ Human Central Metabolism PCR Array婷婷激情成人,可同期检测373个编码伏击代谢酶与代谢物转运卵白的转录本,是进行代谢究诘必不行少的器用。该芯片检测的代谢通路与代谢物转运系统包括:葡萄糖转运卵白,糖酵解、TCA轮回、脂类合成、乳酸合成及转运、糖异生路子、糖原代谢、氨基己糖代谢、磷酸戊糖旁路、一碳单元代谢、谷氨酰胺转运及代谢、氧化复原均衡与GSH合成、脂肪酸氧化、乙酸代谢、核苷酸代谢等。究诘不同生物学过程的代谢特征,寻找生理病理景色下的代谢改革,将有助于深刻贯通细胞人命步履,并为代谢疾病的调节提供新的想路。

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图1. 吐旧容新与生理病理过程。

 

图2. 肿瘤代谢暗示图

 

居品信息:

 

 

芯片性情: • 掩饰度高—掩饰了关节代谢路子与伏击代谢物转运系统中的酶和卵白因子 • 谛视全面—整合了基因/转录本水平信息与卵白水平信息,为每个代谢基因提供看守谛视 • 转录本水平检测—检测编码Uniprot经典卵白的转录本 • 严谨性强—通盘引物齐通过了种种本严格测试 • 快速大略—即用型384孔板规格,只需将cDNA与qPCR Master Mix夹杂试剂加入PCR板中,4小时内得回试验服从。cDNA无需事前扩增。

 

数据库:

 

 

PCR芯片试验经过 1.RNA抽提与质料检测 进行RNA惯例抽提,使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度,使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完竣性。看守的样品QC服从见Arraystar奇迹评释。 2.cDNA合成 每样本取1.5 μg RNA,使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒合成cDNA第一链。看守门径参照Arraystar居品操作手册。 3.Real-time PCR扩增 将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)夹杂,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。 4.溶化弧线分析与原始数据导出 PCR扩增完成后,进行溶化弧线分析,使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文献夹,包含原始Ct值、PCR扩增弧线图和溶化弧线图。

 

PCR芯片数据分析经过 1.PCR芯片数据质控 质控参数:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 妥当上述条款的样本参预下一步分析。 2.数据阅兵与△Ct值绸缪 板间阅兵:使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间阅兵。 内参阅兵与△Ct值绸缪:挑选最优内参婷婷激情成人,使用内参均值绸缪△Ct值。 3.各异倍数绸缪 (2^(-△△Ct)) 使用 △△Ct 纪律绸缪不相同品组之间的抒发各异倍数。 4.P值绸缪 对样本组进行t检修,绸缪P值。 5.其他惯例数据分析 散点图分析;火山图分析;TOP20抒发上长入下调transcript柱形图分析 6.提供奇迹评释与数据分析服从 a.Arraystar奇迹评释(包括RNA样本QC和看守试验数据分析门径) b.Excel芯片服从汇总表(包括transcript列表,数据分析服从和种种图表) c.Raw Data文献夹 (包含原始数据、扩增弧线图和溶化弧线图)

 

NuRNA™ Human Central Metabolism PCR芯片奇迹部分服从展示 1.各异抒发转录本列表(默许筛选参数:各异倍数>2;P<0.05,客户可指定筛选参数值)

 

 

 

 

2.散点图 (玄色斜线代表各异倍数为1,红色斜线代表各异倍数为2)

 

 

3.火山图(玄色垂线代表各异倍数为1;粉色垂线代表上调或下调倍数为2;蓝色水平线代表P值为0.05)

 

 

4.TOP20抒发上调transcript柱状图

 

 

5.TOP20抒发下调transcript柱状图

 

 

 

 

参考文献 1. Agathocleous, M., and Harris, W.A. (2013). Metabolism in physiological cell proliferation and differentiation. Trends in cell biology 23, 484-492, PMID:23756093. 2. Enns, G. Metabolic disease (Encyclopædia Britannica, inc.). 3. Galluzzi, L., et al. (2014). Metabolic control of autophagy. Cell 159, 1263-1276, PMID:25480292. 4. Green, D.R., et al. (2014). Cell biology. Metabolic control of cell death. Science 345, 1250256, PMID:25237106. 5. Kaur, J., and Debnath, J. (2015). Autophagy at the crossroads of catabolism and anabolism. Nature reviews Molecular cell biology 16, 461-472, PMID:26177004. 6. Kinnaird, A., et al. (2016). Metabolic control of epigenetics in cancer. Nature reviews Cancer 16, 694-707, PMID:27634449. 7. Lu, C., and Thompson, C.B. (2012). Metabolic regulation of epigenetics. Cell metabolism 16, 9-17, PMID:22768835. 8. Metallo, C.M., and Vander Heiden, M.G. (2013). Understanding metabolic regulation and its influence on cell physiology. Molecular cell 49, 388-398, PMID:23395269. 9. Vanden Berghe, T., et al. (2014). Regulated necrosis: the expanding network of non-apoptotic cell death pathways. Nature reviews Molecular cell biology 15, 135-147, PMID:24452471.

 

 

 

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